การเพาะเมล็ดมะระนั้นทำได้ 3 วิธีดังนี้

วิธีเพาะในแปลง การเพาะด้วยวิธีนี้ต้องพรวนดินให้ร่วนซุยผสมปุ๋ยมูลสัตว์ เพื่อให้ดินร่วนซุยยิ่งขึ้น นำเมล็ดมะระมาเรียงห่างกัน ประมาณ 3 เซนติเมตร กลบด้วยดินหนา 2-3 เซนติเมตร เอาฟางคลุมรดน้ำ 3-4 วัน รอจนต้นกล้ามีใบจริง 2 ใบ หรืออายุประมาณ 8-10 วัน ก็ย้ายแปลงปลูก โดยก่อนการถอนกล้าควรรดน้ำให้ชุ่มเสียก่อน เพื่อต้นกล้าไม่บอบช้ำมากนัก

วิธีการเพาะกล้าในถุงดำเล็ก นำดินผสมปุ๋ยคอกและวัสดุปลูกที่หาได้ใส่ถุงดำ ขนาด 7×8 เซนติเมตร แช่เมล็ดมะระในน้ำ ประมาณ 1 ชั่วโมง แล้วนำเมล็ดเพาะใส่ถุง ถุงละ 1 เมล็ดรดน้ำให้พอชุ่ม เมื่อต้นกล้ามีใบจริง 2-3 ใบ จึงย้ายลงแปลงปลูก

วิธีการเพาะกล้างอกวิธีเพาะกล้ามะระ นำเมล็ดพันธุ์มะระ มาแช่น้ำอุ่นไว้ ประมาณ 1 คืน หรือราว 5-8 ชม. เช้าอีกวันก็นำเมล็ดมาห่อกับผ้าเปียกน้ำหมาดๆ นำไปบ่มไว้ในกระติกน้ำหรือกล่องโฟม หรือใช้ถุงร้อนคลุมอบก็ได้ เพื่อให้เมล็ดมะระออกรากเร็วและงอกดีขึ้น ประมาณ 2 วัน เมื่อเปิดดูจะเห็นรากสีขาวๆ โผล่ออกมา เลือกเมล็ดที่รากงอกนั้น แล้วนำไปปลูกในถาดเพาะกล้าหรือถุงดำขนาดเล็ก เพื่อให้ง่ายในการดูแลรักษาต้นกล้า ดังนั้น แนะนำให้เพาะกล้าเสียก่อน การย้ายเมล็ดต้องทำด้วยความระมัดระวัง อย่าให้รากอ่อนที่งอกจากเมล็ดหัก ควรใช้ไม้กดจิ้มวัสดุปลูกให้เป็นหลุมเสียก่อน แล้วนำเมล็ดหยอดลงไป ใช้ปลายนิ้วชี้กับนิ้วโป้งบีบดิน หรือวัสดุปลูกกลบเมล็ดเบาๆ

จากนั้นรดน้ำอย่างสม่ำเสมออย่าให้แฉะ จนต้นมะระโอกินาวามีใบจริง 2-3 ใบ ก็สามารถย้ายปลูกในแปลงหรือถุงดำขนาดใหญ่ได้ ในช่วงที่เลี้ยงกล้าต้องหมั่นระวังแมลงที่จะมากัดกินยอด เช่น ตั๊กแตน และแมลงปีกแข็ง เป็นต้น