มังคุดมีเพียงชนิดเดียวหรือมีพันธุ์เดียว ซึ่งมักทั่วไปว่า มังคุด เนื่องจาก ดอกมังคุดมีเกสรตัวผู้ที่เป็นหมัน ไม่สามารถผสมกับเกสรตัวเมียของดอกมังคุดได้ แต่ผลมังคุดที่ติดเป็นผลได้จะเกิดจากการพัฒนาของฐานดอกให้กลายเป็นผล ทำให้ไม่มีการพัฒนาสายพันธุ์ที่แตกต่างขึ้น แต่หากมีการผสมพันธุ์ของเกสรได้ ก็ย่อมทำให้มังคุดมีสายพันธุ์ต่างๆได้ตามมา นั่นเอง ทั้งนี้ อาจมีชื่อเรียกมังคุดที่เข้าใจกันกันว่าเป็นพันธุ์ที่แตกต่างกัน อาทิ มังคุดเมืองนนท์ มังคุดปักษ์ใต้ มังคุดภาคตะวันออก เป็นต้น ซึ่งแท้จริงแล้วเป็นมังคุดสายพันธุ์เดียวกัน แต่อาจจะมีลักษณะผลแตกต่างกันบ้างเล็ก เพราะสภาพแวดล้อมที่แตกต่างกัน
