ปลูกโดยหยอดเมล็ดลงหลุม หลุมละ 2-3 เมล็ด ซึ่งทำให้เปลืองเมล็ดพันธุ์ และเสี่ยงต่อการทำลายของแมลงปากกัด และโรคที่เกิดจากเชื้อรา อีกทั้งทำให้การเจริญเติบโตของแตงโมแต่ละหลุมไม่พร้อมกัน ยากต่อการปฏิบัติดูแลรักษาและไม่ประสบผลสำเร็จ

ใน การปลูกแตงโมช่วงฤดูฝน บางพื้นที่ซึ่งฝนตกชุกมาก ต้องแก้ไขปัญหา เพื่อลดการสิ้นเปลืองของเมล็ดพันธุ์ที่มีราคาแพง ได้ต้นกล้าที่แข็งแรง สม่ำเสมอ ปลอดจากเชื้อรา และพร้อมที่จะลงแปลงปลูก

1. แช่เมล็ดพันธุ์แตงโม ด้วยน้ำบ่อหรือน้ำบาดาล (ห้ามใช้น้ำฝนมาแช่เมล็ด เพราะจะทำให้เมล็ดแตงโมไม่งอก) นำน้ำสะอาดดังกล่าวมาผสมกับน้ำร้อน อัตราส่วน 1 ต่อ 1 เพื่อให้ได้น้ำอุ่นมาแช่เมล็ดแตงโม ทิ้งไว้ประมาณ 5-6 ชั่วโมง

2. หลังจากครบเวลาแล้ว นำเอาเมล็ดพันธุ์ที่แช่น้ำไว้ไปล้างน้ำสะอาดอีกสัก 2-3 ครั้ง เพื่อเอาเมือกที่ติดมากับเมล็ดพันธุ์ออกจนหมด วิธีการสังเกตว่าเมือกออกหมดหรือยังนั้น เมล็ดแตงโมจะไม่ลื่นมากเหมือนตอนแรกนั้นเอง

3. นำเมล็ดวางผึ่งลมให้เมล็ดแห้งพอหมาดๆ (ทดสอบโดยเมื่อนำมือไปแตะเมล็ดจะจับติดมือบ้าง ไม่ติดมือบ้าง) แล้วห่อเมล็ดแตงโมด้วยผ้าที่สะอาด (ห้ามใช้ผงซักฟอกซักผ้า โดยให้ซักผ้าด้วยน้ำสะอาดสัก 3-4 รอบ) นำผ้ามาชุบน้ำให้พอหมาด หรือจะเป็นหนังสือพิมพ์ห่อเมล็ดก็ได้เช่นกัน หรือใช้กระดาษทิชชูแบบแผ่นใหญ่ วางซ้อนทับ 3 ชั้น พรมน้ำพอหมาดๆ แล้ววางเมล็ดแตงโม 1,000-1,500 เมล็ด ลงกลางกระดาษ พับห่อเป็นชุดๆ ตามปริมาณการใช้ และนำผ้าขนหนูที่สะอาดชุบน้ำบิดหมาดห่อเมล็ดแตงโมอีกชั้นหนึ่ง

4. นำเมล็ดพันธุ์ที่ห่อด้วยผ้าใส่ลงในกระติกน้ำ โดยการเตรียมกระติกน้ำแข็งที่ปรับสภาพให้มีความอบอุ่นโดยการใช้น้ำร้อนเทใส่ กระติก ทิ้งไว้ 10 นาที แล้วเทน้ำออก จากนั้นนำห่อเมล็ดแตงโมมาใส่ในกระติก ปิดฝาให้สนิท วางทิ้งไว้ประมาณ 48-50 ชั่วโมง หรือสัก 2 คืน ในอุณหภูมิห้องปกติ ความร้อนในกระติกน้ำจะทำให้เมล็ดแตงโมงอกได้สม่ำเสมอดียิ่งขึ้น โดยเฉพาะช่วงที่อากาศหนาวเย็น วิธีนี้จะค่อนข้างได้ผลดี

5. พอวันที่ 3 ก็ให้เปิดกระติกน้ำ เช็กดูว่าเมล็ดแตงโมโดยส่วนใหญ่จะเริ่มมีรากงอกออกมาเกือบทั้งหมด เมื่อพบว่าเมล็ดงอกดีแล้ว ก็ให้ใช้คีมคีบ หรือมีความชำนาญก็ให้ใช้มือจับเมล็ด ย้ายเมล็ดแตงโมนำไปปลูกลงถาดเพาะกล้า (ซึ่งชาวสวนแตงมักเรียกว่า “การแต้มเมล็ด”) โดย ระวังอย่าให้รากหักหรือรากบอบช้ำ ควรใช้ไม้แทงนำวัสดุปลูกให้เป็นหลุมเสียก่อนแล้วจึงหยอดเมล็ดลงไปเบาๆ แล้วใช้ปลายนิ้วโป้งและนิ้วชี้มือบีบวัสดุปลูกเบาๆ เพื่อกลบปิดปากหลุม วางถาดเพาะในที่ร่มรำไรหรือใต้ตาข่ายพรางแสง แล้วต้องคอยรดน้ำด้วยบัวรดน้ำ

ใน ระยะแรกควรรดน้ำวันละ 2 ครั้ง ให้รดน้ำช่วง 09.00 น. และช่วงบ่าย 15.00 น. จากนั้นรดน้ำต้นกล้าให้ถี่ขึ้นโดยดูจากวัสดุดินที่เพาะ ถ้าแห้งให้รดน้ำได้เลย ดูแลรดน้ำจนกระทั่ง อายุ 10-15 วัน หรือมีใบจริง 2-3 ใบ ก็จะได้กล้าแตงโมที่แข็งแรง สม่ำเสมอพร้อมลงแปลงปลูกได้