มะเขือเทศขยายพันธุ์ง่ายด้วยการเพาะเมล็ด อาจลองนำเมล็ดจากผลที่สุกเต็มที่มาล้างเมือกลื่นออกให้หมด ผึ่งในที่ร่มให้แห้งแล้วหว่านเมล็ดลงในกระบะเพาะ ประมาณ 10 วันเมล็ดจะเริ่มงอกและแตกใบจริง หรือใช้เมล็ดพันธุ์ที่บรรจุซองจำหน่ายก็ได้ถ้าไม่มั่นใจว่าจะเพาะเมล็ดสำเร็จหรือไม่ ให้ลองเพาะในกล่องพลาสติกใสที่มีฝาปิด โดยโรยเมล็ดบาง ๆ ลงบนกระดาษทิชชู รดน้ำให้ชุ่มทิ้งไว้เพื่อสังเกตการณ์ เพียง 3-4 วัน เมล็ดจะเริ่มงอกและมีใบเลี้ยงเล็กๆ โผล่ให้เห็น ก็สามารถย้ายลงวัสดุปลูกต่อได้เช่นกัน